目前胚胎冷冻基本都是采用玻璃化冷冻法。玻璃化冷冻是指在快速冷冻过程中冷冻保护剂由液态直接冻结为无结构的、极其黏稠的玻璃状态或无冰晶结构的固态，这种玻璃状态能保持其溶液状态的分子和离子分布，从而保持胚胎细微结构的完整性。且在冷冻过程中有一定的冷冻保护剂对胚胎进行保护，后期胚胎将一直在-196℃的液氮中冻存。在这种情况下，细胞几乎是停止一切代谢活动，因此，胚胎基本是没有损伤的。
除了胚胎外，目前还有精子和卵子的冷冻，但是相对而言，卵子冷冻后的受精能力要比新鲜卵子稍差。精子、卵子和胚胎的解冻也是在解冻保护液中进行的，有着解冻保护剂的保护作用，精子、卵子和胚胎在解冻过程中的损伤会降到最低。
在卵子和胚胎的外层会包裹一层由糖蛋白结构组成的透明带，该结构在胚胎体外培养过程中会逐渐变脆，失去弹性，会影响胚胎的孵出和进一步的着床。因此，需通过化学、机械或激光的方法对胚胎透明带进行切薄、打孔，甚至完整切除，以帮助胚胎从透明带内孵出，这就是辅助孵化技术。
目前激光法是最为常用的胚胎孵化方式，可以改善女性年龄≥38岁、基础FSH水平增高、卵子透明带厚度超过17μm、胚胎出现50%以上的碎片、反复移植失败以及冷冻胚胎复苏后移植者的胚胎移植成功率。
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